En la década de 1990, el Sistema de Parques Nacionales Estadounidense comenzó el Programa de Parques Hermanos, que permitió a Parques Nacionales Americanos establecer formalmente una relación de colaboración con áreas protegidas en diferentes países. Por medio de este programa del gobierno federal, el Parque Nacional Saguaro trabajó con el Parque Nacional de la Constitución de 1857 y el Parque Nacional Sierra San Pedro Mártir, ambos en Baja California, México, mientras que el grupo de parques SAEZ (Coronado National Memorial, Chiricahua National Monument y Fort Bowie National Historic Site) estableció una relación con APFF Bavispe en Sonora, México.
Sin embargo, con el tiempo se hizo cada vez más difícil para el personal del gobierno de cualquiera de los países cruzar la frontera internacional. Además, todas las reservas experimentaron recortes presupuestarios que limitaron los recursos y el tiempo del personal necesarios para mantener esa colaboración internacional. Aun así, el deseo de trabajar a través de la frontera internacional todavía prevalecía entre todas las reservas de la región, pero necesitaban ayuda para mantener y expandir este trabajo colaborativo.
¡Sky Island Alliance estaba perfectamente posicionada para ayudar! Teníamos una larga historia de trabajo con la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas de México (CONANP) y el Servicio de Parques Nacionales de los Estados Unidos, además, habíamos estado trabajando en la capacitación y movilización de voluntarios en acciones de conservación en ambos países, y estábamos bien versados en navegar los sistemas sociopolíticos de los Estados Unidos y México con facilidad. Así que, en el año 2014, todos los Parques Hermanos decidieron unirse y trabajar como un solo grupo de colaboración, con Sky Island Alliance liderando la expansión de la relación.
El trabajo fue inicialmente posible gracias al financiamiento de Sonoran Joint Venture, y desde entonces ha sido financiado continuamente por el NPS Southwest Border Resource Protection Program.